Pojačana dezinfekcija mora se provoditi na svim kontrolnim točkama koje uspostavlja i osigurava krizni stožer, a po potrebi se mogu odrediti i dodatne točke na kojima se mora provoditi pojačana dezinfekcija. 

Sva vozila, osobe i pribor moraju biti dezinficirani prilikom izlaska iz poplavljenog područja odnosno povratka kroz kontrolne točke. Dezinfekcija vozila provodi se prskanjem kotača i vanjske površine vozila te prelazak vozila preko spužve natopljene dezinficijensom, a osobe se dezinficiraju presvlačenjem upotrijebljene jednokratne zaštitne odjeće i obuće, uranjanjem gumenih čizama u posude s dezinficijensom te dezinfekcijom ruku dezinfekcijskim sredstvom.