Kao pripadnik udruženog zločinačkog pothvata predvođenog bivšim srbijanskim predsjednikom Slobodanom Miloševićem, bio je optužen za ratne zločine nad hrvatskim stanovništvom od 1991. do 1993. na okupiranim područjima Hrvatske. Hadžića se teretilo za zločine protiv čovječnosti i povrede ratnog prava i običaja, počinjene ubojstvima stotina i progonom tisuća Hrvata s okupiranih područja Hrvatske tijekom Domovinskog rata te za čitav niz drugih zločina, među kojima je i masakr više od 250 pacijenata iz vukovarske bolnice na Ovčari. Uhićen je u srpnju 2011. Godine, a prilikom prvog pojavljivanja pred Haškim sudom izjasnio da nije kriv. Hadžić je u trenutku uhićenja bio posljednji bjegunac čije je izručenje tražio Haaški tribunal. Suđenje mu je 2014. prekinuto zbog tumora mozga koji mu je dijagnosticiran.

Hadžićevu smrt prije izricanja presude za HRV je komentirao je gradonačelnik grada Vukovara Ivan Penava: - Velik je propust Haškog suda jer postupak nije dovršen, velika nepravda prema svim žrtvama i prema Republici Hrvatskoj. Krivnja je i na nama jer Republika Hrvatska nije imala dovoljno odlučnosti i snage procesuirati ratne zločince organizatore velikosprske agresije na našem području – rekao je Penava.

- Ovo je još jedna dokaz kako i koliko sporo radi sud u Hagu. Dobar dio onih koji su očigledno počinili ratni zločin nisu dočekali svoje presude. Žao mi je što nije osuđen, a Vukovarci najbolje znaju koje je on zločine počinio na ovom području – rekao je zamjenik gradonačelnika grada Vukovara Marijan Pavliček.

- Najžalosnije je da naša Vlada u to vrijeme nije reagirala da se zločinci osude. Umro je bez presude. Jednino je Mladić, koji je odgovoran za Srebrenicu po meni veći ratni zločinac od Hadžića, a on mu po zločinima stoji rame uz rame – rekao je za HRV pripadnik samostalne satnije Vojne policije pri 204. Vukovarskoj brigadi Josip Belobrajdić Brzi.